Também chamada de Igreja de São João Evangelista, é Monumento Nacional desde 1910. Fazia parte do Convento dos Lóios, construído no século XV sobre as ruínas de um castelo medieval. A igreja foi erguida a mando do primeiro conde de Olivença, D. Rodrigues Afonso de Melo, em 1485.
A ideia era que o espaço fosse o panteão da família Melo, o que se confirma pelos vários túmulos presentes na igreja. Entre eles, destacamos o túmulo de Francisco de Melo, uma obra renascentista da autoria de Nicolau de Chanterene.
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