Quando D. Manuel I casou com Maria de Aragão, filha dos Reis Católicos de Espanha, prometeu que haveria de introduzir a Inquisição em Portugal.
A sua instalação apenas se concretizaria a 23 de maio de 1536, no reinado de D. João III, por bula do papa Paulo III.
A Inquisição tinha por função fazer cumprir todos os dogmas da Fé da Igreja Católica por parte da população.
Todos os que se opunham a este cumprimento ou eram acusados de tal estavam sujeitos a tortura e a serem queimados vivos em Autos de Fé na praça pública.
Os Judeus foram dos que mais sofreram mas até mulheres loucas eram consideradas possuídas pelo demónio e executadas.
Todos os livros considerados atentórios da moral que criticassem a Igreja Católica ou que incluíssem ensinamentos científicos que pusessem em causa os seus princípios dogmáticos eram incluídos numa lista (Index) que proibia a sua posse. Milhares de livros foram retirados de casas particulares e bibliotecas para serem queimados.
A Inquisição Portuguesa cobria todos os territórios do seu vasto império.
Em Portugal Continental, de acordo com o professor de história Henry Charles Lea (1825 –1909), entre 1540 e 1794, os tribunais de Lisboa, Porto, Coimbra e Évora queimaram 1.175 pessoas vivas, assim como a efígie de outras 633 e impuseram castigos a 29.590 seres humanos.
A este número há que acrescentar muitas mais vítimas nos territórios ultramarinos, principalmente no Brasil.
A Inquisição foi sendo extinta gradualmente ao longo do século XVIII. A sua extinção formal só acabaria em 1821. Porém, alguns estudiosos consideram que a Congregação para a Doutrina da Fé, fundada posteriormente, retomou, na sua essência, os conceitos subjacentes à Inquisição.
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